Na území Mikroregionu Hustopečsko se nachází celkem 13 přírodních lokalit, které patří mezi maloplošná chráněná území. Jedná se o jednu národní přírodní rezervaci (NPR), šest přírodních rezervací (PR), jednu národní přírodní památku (NPP) a pět přírodních památek (PP). V přírodních památkách jsou osazeny informační tabule. Některými lokalitami jsou vedeny i naučné stezky.